Обязательно ли с финской визой пересекать Финляндию или можно через другую страну? Например через границу Эстонии.

Не обязательно, можете в любую страну въезжать. Но если у Вас финская виза, то Финляндия должна быть страной преимущественного пребывания, иначе впоследствии могут быть проблемы с получением визы у финнов.