Если возвращаться из другой страны ЕС через Эстонию в Россию, то есть транзит фактически, эстонцы все равно хотят вакцину? Или можно так проехать без теста и вакцины.

Если прилетите из другой страны Шенгена, то контроля может в Таллине не быть. Но если и будет, то покажете билет на автобус в Петербург и от Вас отстанут, тем более при наличии теста (транзит не более 24 часов). Но при посадке в другой стране Шенгена в Таллин без вакцины нужен тест и анкета здоровья для Эстонии, иначе просто в самолет в Таллин не пустят.