Лечу в Москву по рос. паспорту и тархете комунитарио, испанский пограничник не поставил штамп в паспорт о выезде. Насколько это ок, не будет ли вопросов в РФ у наших пограничников?

Это обычная практика. У росс. пограничников в связи с отсутствием у Вас штампа о выезде из Шенгена вопросов к Вам точно не будет. Вопросы могут возникнуть, когда будете продлевать ВНЖ. Сохраните посадочные талоны.

Пограничники сами говорят, что по закону так надо - не ставить. И именно комунитариям.