А по Д визе(эстония) первый раз я обязательно должен через эстонию поехать? Или могу через латвию. Виза национальная.

В PPA сказали что могу по ЕС 90/180.

Есть два типа национальных виз: с ограниченным по территории действию (это про которую вы говорите) и тип D (тоже национальная) с ней можно по шенгену ездить.