А если приехал во второй половине года и работаешь в Эстонии, но остался резидентом РФ, по закону надо все равно ещё 13 процентов заплатить с эстонской зп?

Если эстонский доход не светили в РФ, то можно и в любою время в теории.

Если я остался резидентном, то налог с любых доходов по идее13. С сайта ФНС: если гражданин работает за рубежом, но при этом является налоговым резидентом РФ, то с полученного им дохода от этой работы он обязан самостоятельно исчислить и уплатить НДФЛ, а также представить декларацию по НДФЛ (форма 3-НДФЛ) в налоговый орган по месту своего жительства не позднее 30 апреля следующего года (ст. 228 НК РФ и ст. 229 НК РФ). Указанный доход подлежит обложению НДФЛ по ставке 13 % (ст. 224 НК РФ).