Подскажите пожалуйста, если переезжать по визе D7, нужно ли будет платить налоги с платежей по контрактам, которые приходят например из Швейцарии?

Далеко не по всем видам дохода, к сожалению. А только по отдельным видам - НДФЛ, доход на прибыль организаций. И то при определённых условиях.

Ваша виза никакого отношения к налогам не имеет. Нужно получать NHR. Если вы не платите налоги на эти доходы в другой стране, то скорее всего это придётся делать в португалии (либо 20% для высококвал деятельности, либо обычный подоходный). Точнее лучше узнавать на консультации со специалистом по конкретной ситуации.