если уже получил эстонский ВНЖ, можно оформить синюю карту? Или они "противоречат" друг другу? Как это работает, кто может на пальцах объяснить?

Может конечно кто-то и проходил это путь. Я не вижу каких-то барьеров кроме того что работодателю придется снова шевелится. Так как там другие требования к работникам. Но зачем? Как по мне если есть желание уехать. То лучше потратить время на поиск более подходяшей страны и поиск работы там.

Можно поменять одно на другое. Есть разные основания для получения ВНЖ - для поселения к супругу, для работы топ-специалистом, для работы на основании синей карты. Нельзя иметь 2 внж по разным основаниям, но можно сделать новый внж с новым основанием.