подскажите пожалуйста имея EU сертификат о прививке, можно пересекать границу с Эстонией на машине?( без "бронирования мед отеля" )?

Въехать в Эстонию можно. А выехать из РФ - нет.

Из России выезд по земле - только при наличии оснований (если у Вас только гражданство РФ). Если имеете другое гражданство или иные основпния то российские пограничники выпустят.