Где делать апостиль свидетельства о браке, если оно было зарегистрировано в Украине, но мы проживаем в РФ?

В Украине.

По правилам только в органе ЗАГС по месту выдачи. Можно попробовать заказать в МФЦ услугу по истребованию документов ЗАГС других государств (госпошлина 350 руб.), но в настоящее время это вряд ли сработает...