Сколько дней закладывать на маршрут от Горно-Алтайска по конца чуйского тракта с осмотром всех достопримечательностей? И где лучше ночевать?

Смотря что вы хотите. Просто проехать и с машины посмотреть до 2 дня. Если все достопримечательностм, то месяц. Если по чуйскому тракту, то основные красоты начинаются от семинского перевала.

А если и радиалки: водопады, горные озера, ледники- то и месяца не хватит)

Если хотите базу поцивильней, то они в основном от села Ая до Чемала. Но они скорее всего заняты на 2 месяца вперёд. Дальше базы попрще и подешевле, но красоты природа достаточно настолько, что и в шалаше рай.

На Семинском перевале База Природа, на пересечении рек Чуя и Катунь, есть шикарная база Инегень(рекомендую). На Акташе баз много однотипных деревянные домики. На Кату ярыке базы прям в Челумшанской долине (просто, но очень красиво. Дух захватывает)

В начале Чуйского тракта можете остановится в Финских дачах(рекомендую). Цена, качество, комфорт. Места обычно всегда найти можно, так как база очень большая.

Снимайте в Акташе. В Кату Ярык обучно занято бывает. Да и если дождь спуск и подъем потом тяжёлый, опасный. И от Акташа дорога булыжники, с детьми не советую в Кату Ярык. от Акташа 100 км, ехать будите по бездорожью часа 4. Акташ самое оптимальное и на "Марс"и озеро съездить и вернуться на ночь.