Подскажите, возврат денег лучше заранее с владельцем обсуждать и прописывать в договоре или как, если заключить договор аренды, внесёшь оплату, комиссию, депозит(возможно за несколько месяцев), а внж по какой-то причине не оформят?

Если не пропишите, возврат невозможен. Но прописывать такое, собственник не будет с вероятностью 99.9%.

Договор аренды это одно, а внж другое. Лучше вам купить адрес тогда, а если ВНЖ получите только потом сделать перерегистрацию на тот адрес где вы живете.

Есть список районов в каких не регистрируют иностранцев, по списку этому можете посмотреть.