Подскажите, не анулируют ли шенген или не примят ли штрафные санкции испанцы, если выезжать из Испании в РФ по Испанскому шенгену, при условии въезда через Венгрию?

Не аннулирую и санкций не будет. Для будущих виз сохраните посадочные, чтобы доказать что летели с пересадкой. Правило о количестве проведённых дней никто не отменял.

Не аннулируют. Летите не волнуйтесь.