Если в Эстонию можно выехать из РФ с основанием лечения в отеле спа, то получается, что и в Латвию таким же образом можно?

Это все сухопутные границы РФ так.

В Эстонию нельзя въехать на основании лечения, на этом основании можно выехать из России.