Если купить в Эстонии машину, имея ВНЖ и паспорт РФ, и потом пересечь границу в Нарве (Эстония-РФ-Эстония), есть какие-то особенности, которые нужно учесть?

О да.

Если у вас есть прописка в РФ, вам нужно будет оставить бешеный залог за машину на границе. Самый простой вариант — съездить в паспортный стол в России и выписаться. Подробности вам вряд ли объясню, позвоните на русскую таможню.

Каждый раз при въезде в Россию необходимо оставлять залог в размере полной суммы таможенных платежей. Самый фокус, что возвращаются они не сразу, а могут и полгода, ну и на курсовой разнице легко потерять тоже.