если я лечу из Таллина в Испанию (виза С), то меня могут эстонцы не пустить в самолёт? Просто я думала, что внутри Евросоюза уже ни кому не интересно кто куда летит.

Внутри Евросоюза действуют разные ковидные ограничения.

Вас могут не пустить в Эстонию, если у вас нет оснований для въезда в Испанию. И при посадке в самолёт у вас снова проверят ваши основания. Это всегда было, есть и будет. Даже до короны проверяли документы, включая визы (чтобы они не были ограничены одной страной).