Подскажите пожалуйста, для получения визы Эстонии в спб , нужна постоянная регистрация в спб ?

Хотя бы временная.

На самом деле, по территории России визовых центров Эстонии немало. Есть в СПб, есть и в том же Ивангороде. Нужно смотреть к какому визовому центру относится Ваш регион. К центру в СПб относятся 1) по адресу прописки: СПб, Ленобласть, и вроде как (надо уточнять) Мурманская область и Карелия. Если в этом регионе прописан Ваш супруг - ок, можно подать с ним вместе или доказав что он тут прописан, а вот Ваше свидетельство о браке. 2) По месту работы - вот справка, в ней указано что Вы работаете в организации в СПб и Ваше рабочее место именно в СПб. Часто сейчас отдел кадров и все контакты фирмы в Москве, а вот реальное место рабочее - в СПб, тогда полезно предоставить справку об этом и просить подачу доков сделать здесь. Оставим за рамками тот факт что фактически проживая в СП, не имея хотя бы временной местной регистрации, Вы закон нарушаете... 3) По месту принадлежащей Вам или Вашему супругу жилой недвижимости. Вроде как и договор аренды годится, по крайней мере - люди иногда не приватизируют квартиру, так и живут на условиях социальной аренды у государства, но в полавляющем большинстве они правила прописки соблюдают так как именно она защищает их право проживания на этих метрах госсобственности...

То есть, фактически надо доказать пропиской или косвенно через супруга, жилье или работу что у Вас центр жизни именно в СПб. Хотя сейчас центр в СПб "захлебывается", я бы если имел право - подавался бы в другом месте, там свободнее. Например, будь жителем Ленобласти узнал бы насколько быстрее очередь идет в том же Ивангороде...

В визовом центре в Москве о каких-то фактах возврата паспортов и без виз и без пояснений рассказывали. Что-то не так пошло в столице и поэтому это надо учитывать...