А кто-то знает, если старая виза закончилась, потом въехали по новой, то отсчёт 90 дней заново идёт или нет?

Старая или новая виза значения не имеет - не должно быть превышения 90 дней в период 180 дней. То есть берёте любой день, от него отсчитываете 180 дней назад и в этот период у вас не должно быть более 90 дней в сумме.