Прошли КП в Израиле, потом надо было выехать, теперь возвращаемся, чтобы идти в МВД, что надо говорить на границе? Первый раз к нативу не подходили, шли как туристы.

Наверное, как минимум поставить их в известность еще раз сходу, что вы уже не туристы.

Вы хотя бы успели временный ТЗ получить? Если нет, то это очень странная идея была уехать в интервале между КП и получением ТЗ, с учетом что это почти сразу делается. Пробуйте на границе подойти в Натив и сказать что уже прошли кп, может они проведут через погранцов.