Является ли проблемой то, что штамп о вылете из Дубая мне не поставили?

Не проблема.

Лучше съездить в аэропорт, чтобы они поставили печать - если будите визу платную покупать и тд . Вы в системе есть и в аэропорту с вылетом проблем не будет, но сама печать нужна в паспорте для некоторых моментов.

Нет конечно, это smart gate.