если мы хотим переехать в Эстонию и жить и работать там То зачем идти за визой С моему мужу, если она не даёт право на работу ?

Право на работу даёт разрешение на работу, на месте подадитесь дальше на что хотите, Д или ВНЖ.

Есть у меня подозрение, что посольство ЭР в Москве в данный момент не занимается выдачей виз D и ВНЖ. Но это лучше уточнить у них напрямую. Соответственно, вам потребуется вывезти супруга в Эстонию и на месте подавать документы в РРА.