если в дубае будет пересадка около 9 часов (два перелёта эмирэйтс), багаж автоматически на второй рейс отправится или надо будет его получить все-таки?

Зависит от организации рейсов. Если покупка и регистрация на рейсы прошла одновременно - должны перенести. Если это просто два разных билета, то нужно будет багаж получать. Уточняйте на стойке регистрации.

Мы летали с пересадкой. Багаж они сами грузили. Нам при регистрации в Москве дали сразу 2 билета.