Как лучше всего долететь из Вены в Москву?

Через Киев.

Белград/Стамбул, наверное. Либо до куда можно самолётом, потом поездом.

Один из бюджетных вариантов (но не оч приятных)) Райн эйр до Таллина Из Таллина до Питера посмотрите balticshuttle (20 евро до 26 лет) И из Питера до Москвы.