можно ли выезжать хотя бы на Азоры или Мадейру, пока ожидаешь решение SEF (1,5-2 года) касательно резиденции Португалии?

Ну мы вот летали и на посадке никакие визы не проверяли) Только сверили имя в паспорте и в билете.

Вы можете передвигаться по территории Португалии свободно куда угодно. Эти острова являются территорией Португалии , поэтому можно без проблем.