Если поеду в Португалию через Шенген визу, например на 90 дней и найду работу... там можно будет получить рабочую визу или как остаться?

Это не будет рабочей визой. Это будет ВНЖ на основании статьи 88.2 при наличии контракта и истории выплат сегуранса социал (с получаемой зарплаты) в течение то ли 3х, то ли 6ти месяцев.