По какому документу родителей заносятся/заносились данные в советские СОР детей? В моем советском СОР девичья фамилия мамы, хотя после заключения брака мама взяла фамилию отца.

По паспортам. Возможно, ваша мама меняла документы на новую фамилию уже после вашего рождения, а не сразу после регистрации брака. В советские времена на это давали какое-то время. Ставили печать типа "подлежит замене".