Кто-то знает, если я лечу одной авиакомпанией из Калининграда в Москву и потом в Малагу через три часа, нужно ли забирать багаж в Москве или можно его зарегистрировать до конечной? S7 компания. До них не могу дозвониться.

По s7 не подскажу. Аэрофлот так может зарегистрировать, если есть тест.

Если у вас один билет с двумя сегментами полета (Калининград-Москва, Москва-Малага), то багаж зарегистрируют до Малаги. Если два разных билета, то скорее всего нет.