есть ли реальный пример того, что супруга может выехать из РФ в Эстонию по трудовому договору мужа? Или ей тоже нужен свой контракт? У обоих есть виза D

Тут всякие варианты. Главный вопрос: они вместе едут или нет? Если вместе, то выпустят по пункту 25 распоряжения. Если раздельно, то по чужому трудовому договору - не основание. Основанием может быть его постоянное проживание за рубежом. Если будут документы о его постоянном проживании - нет проблем.