Подскажите пожалуйста, как лучше взять билет: Санкт-Петербург-Стамбул-Эркан - одним билетом или Санкт-Петербург-Стамбул и отдельно Стамбул -Эркан? Имеет ли это значение?

Тут как всегда. Если одна АК, то багаж не придется в Стамбуле самостоятельно забирать/сдавать. И в случае отмены или задержки по вине АК вам поменяют второй билет Если разные АК то эти риски вы сами несете.