Подскажите если я в шенгене сейчас а потом планирую лететь на Кипр, то дни будут засчитаны в счет проведения в шенген зоны ?

Вы не правы, все засчитывается, не путайте людей. Уверена на 100%.

@Lora: Вот мне тоже так кажется. Пограничники каждый раз удивляются если говоришь, что использовать шенген, когда можно получить провизу.