Подскажите, действительно ли запрещено ввозить евро в Россию из Эстонии? Как это понимать?

Рубли и доллары. Зачем думаете обменник на мальми круглосуточно работает.

Вот тут ключевое предложение. Теоретически могут пристать и сказать что 5 000 евро, вывозимые в РФ, это явно выше личной потребности при следовании к месту проживания... Я уже давно написал здесь: при каждом въезде в Эстонию с евро пристаем к местным таможенникам и требуем оформлять декларацию. Копим декларации... При необходимости объяснить откуда сумма такая - показываем декларации о ввозе. Раз ввезли в Эстонию - то имеете право и вывезти...