Подскажите, при пересечении границы Россия-Эстония, для пограничников важно, чтобы отель для лечения был забронирован на срок от 2 ночей? Или это отель так работает?

Пограничникам без разницы, хоть к зубному на часовое лечение, им главное слово "лечение" и ваши данные.

Это условия самого отеля) писали, что и на 1 ночь бронировали.

Условие отеля . Но есть в Нарве и от одной ночи.