Подскажите, если ехать из СПб в Эстонию, а оттуда - в Прагу без сертификата о вакцинации, в Эстонию без него въехать можно, а вот спросят ли при перелете в Прагу?

Не спрашивают. Летела две недели назад.

Можно через Армению, нужен пцр тест который в аэропортах делают за пару часов. Но правда по этому маршруту летели люди не по РФ паспорту. Но посмотрите, может тоже подойдёт.