Подскажите, если наоборот, гражданин ЕС едет в Россию в СПБ через Таллин, с гостевой визой. На нашей границе проблем не должно быть? Пустят?

Неа. Не пустят без оснований. Пусть летит.

О мне уже сейчас все отвечали такой вопрос. Гражданину ЕС нужны основания для въезда в рф, какие они могут быть, посмотрите выше, там много кому отправляли ссылку. Ну и свежий Пцр тест как оказалось.