Если берешь индивидуальный трансфер, то в аэропорту стоит предупреждать встречающего гида от туроператора (который в автобусе до отеля сопровождает)?

Не стоит- это так весело, когда автобус со всеми туристами будет стоять и ждать вас часа два в аэропорту, а Вы уже в отеле)

Конечно весь автобус будет ждлать.