Подскажите какие варианты существуют добраться из Вильнюса до Спб? Самолет не подходит, а автобус идет целых 24 часа с двумя пересадками...

Если есть два варианта, автобус и самолёт и оба не подходят.. У вас сложный выбор.

Посмотрите вариант до Минска - там автобус идёт 4 часа и дальше можно на самолете или до Калининграда и дальше на самолете.

Я в своё время ехала 2мя автобусами - Вильнюс - Таллин (это был люкс, 10 часов), ночевала в Таллинне, и потом Таллин - спб. Тоже тяжеловато, конечно.