А были у кого пересадки длинные (больше 20 часов) в Стамбуле, багаж надо забирать?

Зависит от того, билет у вас одним перелётом или нет. Если это единый билет с двумя сегментами, то не нужно.

Меня спросили при регистрации как я хочу, забирать или нет. Я попросила не забирать.

Не, багаж не отдадут.