У меня греческий шенген. Я заехала в эстонию, чтобы полететь в Грецию. На эстонской границе мне поставили печать, а когда прилетела в Грецию - нет.

Если полёт внутри Между странами ЕС - штамп не ставят. Как минимум ваш паспорт сканили, есть сведения с рейса в Грецию.

Сохранить посадочные, бронь гостиницы и т. п. в Греции.