Есть российский загран с ранее полученной шенгенской 5 летней визой и свежий паспорт (Израиль) с безвизовым въездом. Что показывать на границе в Эстонии?

Что хотите) российский загран нужно показывать только в РФ, а в других странах вы сами выбираете каким гражданином быть на границе.

Что хотите. С точки зрения границы - не важно. Но если покажете израильский, эстонцы могут спросить: "А где российский штамп о выезде? " Это не преступление, но придётся сказать, что и российский паспорт есть. Ничего такого в этом нет. А могут и не спросить. Просто случаи бывали. Они сейчас отслеживают, кто как едет. Вдруг, вы - Петров. Или Боширов.

Оба паспорта, рф для выезда, израиль - основание для выезда.