В списке документов на продление резиденции есть пункт "permission for sef to check Portuguese criminal record". Что это значит? Нужно отдельно получать справку об отсутствии судимости или они сами все проверят?

Нет не отдельный документ, когда делаете заявление о продление ВНЖ ставится галочка, что разрешаете иммиграционной службе доступ к вашей справки о несудимости.

Разрешение SEFу проверить судимости в базе данных португальской (и видимо все-европейской) полиции.