Подскажите пожалуйста, мне в СПБ оформили ветеринарные сертификаты ЕС для Эстонии без указания номера автомобиля и даже пункта въезда в ЕС (!). Это нормально?

Нет.

Где вам такое оформили?

Отвечу себе сам: эстонская таможня внимательно смотрела ветеринарные документы, но не придиралась и всё было ок. Номера автомобиля не указаны, пункт пропуска не указан.