Если Эстония является транзитом перед условно Португалией. То нужно какие то дополнительные документы оформлять на собаку, кроме тех, что нужны для въезда в Эстонию?

Вы проживаете в португалии постоянно?

Проследить чтобы на границе поставили штамп на сертификат что животное въехало в ЕС.

Удостоверьтесь, что требования к сертификату для въезда в Эстонию совпадают с требованиями к таковому в Португалии. У Эстонии они очень невысокие и отличаются от, например, Финляндии. Когда будете оформлять справку, обязательно скажите, что едете через Эстонию в Португалию.