у переболевшего, аннулируется сертификат вакцинации, появляется сертификат переболевшего. С этим сертификатом в Эстонию как? никак?

Я тоже интересовалась этой темой. Но просто распечатала сертификат вакцинации на английском, пока не поменялся код. В Эстонию не ездила с ним, а в Финку мне нужен сертификат переболевшего.

У вас будет сертификат, в котором указаны и прививки и болезнь.

Ничего не аннулируется, скатайте новый и все, там сохраняется вся информация о предыдущих прививках.