Подскажите пожалуйста, я гражданин Украины имею ВНЖ в России, стоит прививка спутник.

Потому что вы иностранный гражданин, а не гражданин РФ. На сколько я знаю, граждане других государств должны въезжать с тестом. Но у вас есть внж, возможно они хотят подстраховаться так как не знают как в случае с внж.

Но если у вас спутник, то проблем не должно быть, если у вас есть сертификат - QR код на руках или в эл виде. Лучше позвонить в авиакомпанию, запишите разговор подтверждение на всякий случай. На регистрации могут быть вопросы просто у Египтян, они вообще очень придирчивые все в аэропорту .