Скажите, когда в ЮАР транзитом летишь (Катаром, например), там багаж надо забирать или нет?

Нет, не надо, если летите одной компанией.

Если пересадка в Йоханнесбурге, то возможно нужно регистрировать ещё раз Уточняйте у авиакомпании.

Точно не надо, на конечном пункте выдадут если это одна авиакомпания.

Три раза летала. Если билеты одной компании на все сегменты полета, то не надо. Если еще один перелёт внутри страны (у меня Дурьан), то проходите таможню в первом пункте приземления в стране, в данном случае у меня это Joburg, и естественно забираете багаж и снова сдаёте его на местный рейс при регистрации.