Мои дети выезжают автобусом СПб Таллин и в этот же день Таллин - Мальта . Я ( мать) резидент Мальты.

Из РФ их выпустят по Вам как резиденту, зачем бронь отеля?

Конечно , этого достаточно. Они несовершеннолетние? Без сопровождения?

Всё документы, подтверждающие ваше родство, если Вы меняли фамилию или Ваши дети, то свидетельство о браке.

К матери детей пускали хоть в какие времена и хоть куда. В обратную сторону ( мать к детям) не всегда. Странно что турфирма этого не знает. Может , они просто для подстраховки чтобы не опоздать обычный отель предлагают?