Подскажите, возможен ли транзит из спб через Эстонию в Латвию, на автобусе, с паспортом РФ и французским шенгеном.

Проехать можно, но на границе Эстонии не говорите, что у вас транзит. В Эстонию заезжаете по фр. визе, далее-до Латвии. Для выезда из РФ нужно основание (просто с шенгенской визой из России не выпустят).