хочу отправить сына 16 лет из Москвы в МД паспорт загран Рф ! Если я сделаю ему разрешение на самостоятельное пересечения только от меня потому-то Супруга в Молдове, его пустят???

На водителя нужно делать, доверенность, если я не ошибаюсь, когда ходили поезда со мной ехала девочка, подросток, при пересечение границы, проводник показал им доверенность, может сейчас что то извинилось.

У Вашего ребенка должно быть основание для выезда из РФ, для выезда из РФ по доверенности . Таким основанием является загран МД, в который и поставят печать о выезде из РФ. Это касается только проезда по доверенности, в случае если он пересекает границу с родителем, эти основания предоставляет родитель на себя.