Я не сильна в географии Грузии, скажите Мцхета и Кахетия это одно и тоже? Или два разных названия городов? Если разные, то куда лучше съездить?

Абсолютно разные места! Ехать в Кахетию через Мцхету. Вернее будет Мцхета по дороге в Кахетию. Не доезжая Тбилиси.

Кахетия, это не город, а регион В Кахетии много городов. Дорога хорошая. Мцхета, древняя столица Грузии. И если вы планируете дневную экскурсию, то их сложно совместить. В Мцхета нужен день, там Светицховели и Джвари. А на Кахетию два дня минимум. Если планируете доехать до Сигнаги.