Такая поездка засчитывается при следующей подаче на визу эстонскую, если штамп только финнов?

Обычно эстонцы финские штампы засчитывают как свои, но лучше для гарантии сохранить билеты и/или бронь отеля и приложить их при подаче на следующую эстонскую визу как доказательство того, что были в Эстонии. Хотя если обратно поедете автобусом, то эстонский штамп тоже будет у Вас.