Летающие в Эстонию через Хельсинки или Ригу, подскажите: на какой границе ставят штамп? Нужно свежеполученную визу откатать, не хотелось бы штамп другой страны получить.

Для Эстонии штампы Хельсинки или Риги - это нормально. Никаких проблем не будет. Для спокойствия можете билеты сохранить и брони отелей как доказательство того, что были в Эстонии. Да, можно обратно по земле, но это только для Вашего удобства, а не для штампа - для Эстонии штампы Финляндии и Латвии равносильны штампу Эстонии для оценки того, правильно ли использована виза.